RunSeuratDEAnalysis
RunSeuratDEAnalysis.RdRun differential expression analysis on a Seurat object
Usage
RunSeuratDEAnalysis(
object,
group.by,
ident.1 = NULL,
ident.2 = NULL,
assay = NULL,
subset = NULL,
cache = NULL,
error = TRUE,
...
)Arguments
- object
Seurat object
- group.by
Column name in meta.data to group cells by
- ident.1
Identity of the first group of cells
- ident.2
Identity of the second group of cells
- assay
Assay to use for analysis
- subset
Subset of cells to use for analysis It should be a string of expression to pass to
dplyr::filterfunction- cache
Directory to cache the results. Set to
FALSEto disable caching The results of the analysis will be saved in this directory Anything changed in the object or arguments will trigger a re-run- error
Whether to raise an error if the analysis fails Otherwise, return an empty data frame
- ...
Additional arguments to pass to Seurat::FindMarkers
Examples
RunSeuratDEAnalysis(SeuratObject::pbmc_small, "groups", "g1", "g2")
#> p_val avg_log2FC pct.1 pct.2 p_val_adj gene groups
#> NOSIP 0.02870319 1.2224797 0.455 0.194 1 NOSIP NA
#> LYAR 0.02920961 0.8205500 0.159 0.389 1 LYAR NA
#> SNHG7 0.03189563 0.9583741 0.295 0.083 1 SNHG7 NA
#> TMUB1 0.03592718 1.7965894 0.182 0.028 1 TMUB1 NA
#> ZNF330 0.03911949 9.7197369 0.114 0.000 1 ZNF330 NA
#> FUOM 0.03911949 7.6369685 0.114 0.000 1 FUOM NA
#> CCL4 0.04262696 3.6666376 0.205 0.056 1 CCL4 NA
#> LINC00936 0.04918625 0.7604677 0.386 0.167 1 LINC00936 NA
#> TSPO 0.05000053 0.8252648 0.659 0.361 1 TSPO NA
#> IFI6 0.05588343 0.8570195 0.432 0.222 1 IFI6 NA
#> VDAC3 0.06665008 3.6742886 0.318 0.139 1 VDAC3 NA
#> SPON2 0.07526141 1.7237839 0.273 0.111 1 SPON2 NA
#> LGALS2 0.08238383 1.4537375 0.341 0.167 1 LGALS2 NA
#> RPL7L1 0.08259804 -2.5594238 0.091 0.222 1 RPL7L1 NA
#> TAF7 0.08349570 1.5772505 0.341 0.167 1 TAF7 NA
#> FCGR3A 0.08436567 1.1275295 0.432 0.250 1 FCGR3A NA
#> LGALS9 0.08733037 1.1241969 0.273 0.111 1 LGALS9 NA
#> GZMB 0.08733037 1.1698448 0.273 0.111 1 GZMB NA
#> CLEC10A 0.09071524 1.6996524 0.182 0.056 1 CLEC10A NA
#> FCER1A 0.09397257 1.9329064 0.182 0.056 1 FCER1A NA
#> LRRC25 0.09529164 0.4200849 0.273 0.111 1 LRRC25 NA
#> BANK1 0.09545145 2.0219200 0.136 0.028 1 BANK1 NA
#> GSTP1 0.09628003 0.7713358 0.591 0.444 1 GSTP1 NA
#> SIT1 0.09934503 -3.6034439 0.023 0.111 1 SIT1 NA
#> ARHGDIA 0.10084609 -0.4601009 0.432 0.250 1 ARHGDIA NA
#> HLA-DMA 0.10813435 1.0195709 0.386 0.222 1 HLA-DMA NA
#> GRN 0.11667166 0.5547349 0.409 0.222 1 GRN NA
#> RUFY1 0.11768586 -0.9810894 0.091 0.222 1 RUFY1 NA
#> MS4A7 0.12277557 0.5415504 0.227 0.083 1 MS4A7 NA
#> IFI30 0.13211385 0.4138543 0.341 0.167 1 IFI30 NA
#> RGS1 0.13634254 2.5506416 0.159 0.056 1 RGS1 NA
#> THYN1 0.14336601 1.5281674 0.205 0.083 1 THYN1 NA
#> PARVB 0.15081270 -1.4496990 0.068 0.167 1 PARVB NA
#> PCMT1 0.15207496 3.3593272 0.295 0.167 1 PCMT1 NA
#> FCGRT 0.16468927 0.9702779 0.409 0.250 1 FCGRT NA
#> BID 0.17214063 1.1827776 0.386 0.222 1 BID NA
#> GNLY 0.17975936 1.3725474 0.295 0.167 1 GNLY NA
#> FCER1G 0.18735817 0.6490939 0.636 0.472 1 FCER1G NA
#> TAGAP 0.18771440 -0.4875612 0.114 0.222 1 TAGAP NA
#> BLVRA 0.19048552 -1.1214685 0.227 0.333 1 BLVRA NA
#> COTL1 0.19393336 0.4875465 0.750 0.583 1 COTL1 NA
#> HLA-DQA1 0.21368858 0.9605902 0.386 0.250 1 HLA-DQA1 NA
#> VPS28 0.21488446 -1.2334213 0.318 0.444 1 VPS28 NA
#> GIMAP1 0.22134291 0.9678929 0.409 0.250 1 GIMAP1 NA
#> PRF1 0.22555711 0.3097331 0.295 0.167 1 PRF1 NA
#> SAFB2 0.23520876 2.4093824 0.091 0.028 1 SAFB2 NA
#> EIF3G 0.23894997 0.7393618 0.591 0.417 1 EIF3G NA
#> NRBP1 0.24206600 -2.2937805 0.091 0.167 1 NRBP1 NA
#> HLA-DQA2 0.24489452 0.6449536 0.250 0.139 1 HLA-DQA2 NA
#> SCO2 0.24808905 0.8095112 0.182 0.083 1 SCO2 NA
#> PTPN22 0.25724622 -2.1902685 0.045 0.111 1 PTPN22 NA
#> PPP3CC 0.26106405 0.7908963 0.136 0.056 1 PPP3CC NA
#> ZNF76 0.26360996 1.2855973 0.091 0.028 1 ZNF76 NA
#> CD1C 0.26360996 1.5571143 0.091 0.028 1 CD1C NA
#> WARS 0.26808657 -1.3804565 0.159 0.250 1 WARS NA
#> EPC1 0.27173354 0.8665448 0.205 0.111 1 EPC1 NA
#> TCL1A 0.27307223 -1.8951067 0.068 0.139 1 TCL1A NA
#> CCDC104 0.27358239 0.9099128 0.091 0.028 1 CCDC104 NA
#> GZMH 0.28136356 1.6970640 0.159 0.083 1 GZMH NA
#> HLA-DRA 0.28215715 0.2258141 0.727 0.639 1 HLA-DRA NA
#> RBP7 0.28966268 -1.1441332 0.068 0.139 1 RBP7 NA
#> RGS2 0.29358016 -0.6789153 0.409 0.278 1 RGS2 NA
#> MPHOSPH6 0.29667195 1.4082929 0.159 0.083 1 MPHOSPH6 NA
#> TREML1 0.29820733 -1.3982890 0.068 0.139 1 TREML1 NA
#> TCF7 0.30419782 -0.9406441 0.114 0.194 1 TCF7 NA
#> PTCRA 0.30440015 -0.2643378 0.045 0.111 1 PTCRA NA
#> BLOC1S4 0.30851235 -1.2148305 0.091 0.167 1 BLOC1S4 NA
#> CD9 0.30851235 0.1021292 0.091 0.167 1 CD9 NA
#> TNFRSF1B 0.30987432 0.8275763 0.227 0.139 1 TNFRSF1B NA
#> TPM4 0.31495381 0.4273507 0.409 0.278 1 TPM4 NA
#> LST1 0.32907845 0.1394113 0.500 0.361 1 LST1 NA
#> FAM96A 0.33150327 -0.4500508 0.205 0.111 1 FAM96A NA
#> SERPINA1 0.33384685 0.8580429 0.341 0.250 1 SERPINA1 NA
#> C12orf75 0.34229821 -0.5783239 0.114 0.194 1 C12orf75 NA
#> HLA-DRB1 0.34667535 0.3435079 0.568 0.444 1 HLA-DRB1 NA
#> HLA-DPA1 0.35432386 0.6422033 0.545 0.500 1 HLA-DPA1 NA
#> CARD16 0.35475812 0.1396680 0.409 0.278 1 CARD16 NA
#> HLA-DRB5 0.35956376 0.1505533 0.523 0.361 1 HLA-DRB5 NA
#> ZFP36L1 0.36236507 -2.0075334 0.136 0.194 1 ZFP36L1 NA
#> RHOC 0.36735744 -0.2360902 0.409 0.250 1 RHOC NA
#> CD247 0.37584672 0.4950876 0.250 0.167 1 CD247 NA
#> CFP 0.38055093 -0.4032603 0.364 0.250 1 CFP NA
#> GZMM 0.38163435 0.7040406 0.273 0.194 1 GZMM NA
#> SAT1 0.38637069 0.1496136 0.773 0.639 1 SAT1 NA
#> TALDO1 0.38799801 -1.4821323 0.500 0.500 1 TALDO1 NA
#> YWHAB 0.40132815 0.3123683 0.523 0.528 1 YWHAB NA
#> FPR1 0.40338593 -1.3374693 0.136 0.194 1 FPR1 NA
#> TNFAIP8 0.41017526 -0.6427122 0.250 0.306 1 TNFAIP8 NA
#> TTC38 0.41239096 1.2736847 0.136 0.083 1 TTC38 NA
#> HVCN1 0.41463077 -2.2939901 0.114 0.167 1 HVCN1 NA
#> CCL5 0.41474716 -0.9043819 0.432 0.472 1 CCL5 NA
#> LYZ 0.42215674 0.2979607 0.682 0.583 1 LYZ NA
#> VSTM1 0.42420482 -0.2914488 0.114 0.056 1 VSTM1 NA
#> CD8A 0.42421612 -0.4965425 0.114 0.056 1 CD8A NA
#> LAMP1 0.42538075 -0.5861493 0.205 0.278 1 LAMP1 NA
#> CD200 0.43621807 -2.5445648 0.023 0.056 1 CD200 NA
#> CD19 0.44237088 -1.0048143 0.068 0.028 1 CD19 NA
#> DLGAP1-AS1 0.44237088 0.5505892 0.068 0.028 1 DLGAP1-AS1 NA
#> FCER2 0.45379221 -1.7096009 0.045 0.083 1 FCER2 NA
#> FCRLA 0.45379221 -2.2473152 0.045 0.083 1 FCRLA NA
#> TMEM40 0.45934038 -1.4708196 0.068 0.111 1 TMEM40 NA
#> ASGR1 0.46444068 1.3781397 0.136 0.083 1 ASGR1 NA
#> MMADHC 0.46691934 -1.2601668 0.205 0.250 1 MMADHC NA
#> RP11-693J15.5 0.46780299 -1.9053842 0.045 0.083 1 RP11-693J15.5 NA
#> IGLL5 0.47162751 -0.2402105 0.023 0.056 1 IGLL5 NA
#> ANXA2 0.47261188 0.1269778 0.614 0.444 1 ANXA2 NA
#> S1PR4 0.47993990 1.7654906 0.273 0.194 1 S1PR4 NA
#> MYL9 0.48363363 -0.9581845 0.068 0.111 1 MYL9 NA
#> COPS6 0.49620744 -0.8663350 0.273 0.194 1 COPS6 NA
#> FCN1 0.49830814 -0.5499683 0.386 0.417 1 FCN1 NA
#> CD68 0.49979451 0.4068668 0.295 0.222 1 CD68 NA
#> SP100 0.50025570 -0.5112157 0.295 0.194 1 SP100 NA
#> CD79A 0.50287239 -0.6183097 0.136 0.194 1 CD79A NA
#> GPX1 0.51192812 -0.6122229 0.682 0.639 1 GPX1 NA
#> CCR7 0.51836193 1.9506907 0.091 0.056 1 CCR7 NA
#> ADAR 0.52877864 -0.1155165 0.182 0.222 1 ADAR NA
#> ACRBP 0.53424169 0.8715893 0.068 0.111 1 ACRBP NA
#> FGFBP2 0.53811724 1.3991481 0.250 0.222 1 FGFBP2 NA
#> TYROBP 0.54258037 0.1047340 0.636 0.500 1 TYROBP NA
#> GP9 0.54308166 -0.2629969 0.091 0.139 1 GP9 NA
#> ODC1 0.54704146 -0.8462178 0.182 0.222 1 ODC1 NA
#> MS4A1 0.54893336 -1.7447339 0.136 0.167 1 MS4A1 NA
#> KLRD1 0.55544738 0.5675050 0.159 0.111 1 KLRD1 NA
#> LY86 0.56056635 0.1599974 0.250 0.194 1 LY86 NA
#> NFKBIA 0.56488054 0.6054230 0.591 0.472 1 NFKBIA NA
#> NKG7 0.56823957 0.2819263 0.477 0.389 1 NKG7 NA
#> DNAJB1 0.57140408 -0.2655006 0.227 0.278 1 DNAJB1 NA
#> LCK 0.57352870 0.3533948 0.318 0.250 1 LCK NA
#> MPEG1 0.57892640 -0.7608735 0.205 0.139 1 MPEG1 NA
#> SMCO4 0.58895599 -0.3460177 0.205 0.139 1 SMCO4 NA
#> IL1B 0.60418281 1.0822189 0.205 0.167 1 IL1B NA
#> AIF1 0.60882656 0.1259509 0.545 0.444 1 AIF1 NA
#> HNRNPA3 0.60921704 -0.1623689 0.409 0.306 1 HNRNPA3 NA
#> AKR1C3 0.61597272 0.9619857 0.114 0.083 1 AKR1C3 NA
#> CD14 0.61951529 -1.2948842 0.159 0.194 1 CD14 NA
#> CD3E 0.62522103 0.4977330 0.341 0.278 1 CD3E NA
#> GNG11 0.63742523 -1.1347009 0.114 0.139 1 GNG11 NA
#> CLIC3 0.64234460 0.9081385 0.114 0.083 1 CLIC3 NA
#> CLU 0.64949087 -0.9996102 0.114 0.139 1 CLU NA
#> CTSW 0.65028217 -0.3922628 0.341 0.250 1 CTSW NA
#> STX10 0.65074656 -0.7783398 0.159 0.194 1 STX10 NA
#> GZMK 0.66243894 -1.7574529 0.091 0.111 1 GZMK NA
#> IL7R 0.66674361 0.2082191 0.341 0.333 1 IL7R NA
#> PTGDR 0.66918992 -2.7669811 0.114 0.083 1 PTGDR NA
#> S100B 0.67009042 4.1497946 0.045 0.028 1 S100B NA
#> LILRA3 0.67596773 -1.9791945 0.091 0.111 1 LILRA3 NA
#> DNAJC2 0.67885156 -0.1544783 0.182 0.139 1 DNAJC2 NA
#> GYPC 0.68005668 -0.8651684 0.250 0.278 1 GYPC NA
#> MYO1G 0.68065858 0.6695113 0.409 0.333 1 MYO1G NA
#> IL2RB 0.68277191 0.2945914 0.114 0.083 1 IL2RB NA
#> PPP1R18 0.68939101 0.3244785 0.318 0.278 1 PPP1R18 NA
#> NT5C 0.70343211 -1.2694963 0.227 0.167 1 NT5C NA
#> S100A11 0.70479142 0.1499056 0.591 0.528 1 S100A11 NA
#> XBP1 0.71198923 0.1016697 0.318 0.250 1 XBP1 NA
#> TMEM204 0.71342360 0.4482229 0.045 0.028 1 TMEM204 NA
#> S100A8 0.71501151 -1.2624184 0.409 0.306 1 S100A8 NA
#> NCOA4 0.73091444 -0.8719660 0.250 0.194 1 NCOA4 NA
#> PGRMC1 0.73809476 -0.4498943 0.114 0.083 1 PGRMC1 NA
#> CTSB 0.73923287 -0.6614962 0.318 0.250 1 CTSB NA
#> IGFBP7 0.75069884 -0.5043795 0.205 0.222 1 IGFBP7 NA
#> CD79B 0.76680522 -1.2150744 0.295 0.278 1 CD79B NA
#> SATB1 0.76687418 -3.0600459 0.068 0.083 1 SATB1 NA
#> RP11-290F20.3 0.76832326 0.1220792 0.136 0.111 1 RP11-290F20.3 NA
#> HLA-DMB 0.77306125 -0.3343191 0.341 0.278 1 HLA-DMB NA
#> CD2 0.77334050 0.5941658 0.159 0.139 1 CD2 NA
#> PIK3IP1 0.77930880 1.4533085 0.159 0.139 1 PIK3IP1 NA
#> GZMA 0.78049937 -0.1186839 0.227 0.250 1 GZMA NA
#> PMPCB 0.78121854 0.1265535 0.136 0.111 1 PMPCB NA
#> KIAA0125 0.80780244 -1.8552812 0.045 0.056 1 KIAA0125 NA
#> CYB561A3 0.80780244 -1.8289438 0.045 0.056 1 CYB561A3 NA
#> CD180 0.80780244 -1.5002871 0.045 0.056 1 CD180 NA
#> HNRNPH1 0.82024117 -0.2902894 0.136 0.111 1 HNRNPH1 NA
#> IL32 0.82066860 -0.5310219 0.295 0.306 1 IL32 NA
#> ASNSD1 0.82403692 -0.2054350 0.068 0.083 1 ASNSD1 NA
#> MAL 0.83229313 0.2357011 0.068 0.083 1 MAL NA
#> LINC00926 0.84467238 -0.3201780 0.068 0.056 1 LINC00926 NA
#> PPBP 0.85072316 -0.8161701 0.159 0.167 1 PPBP NA
#> HNRNPF 0.85270253 -0.1318392 0.432 0.361 1 HNRNPF NA
#> IL17RA 0.86275280 -1.1075541 0.068 0.056 1 IL17RA NA
#> SRSF7 0.87608406 -1.5599110 0.500 0.472 1 SRSF7 NA
#> POP7 0.87628706 1.5192430 0.159 0.139 1 POP7 NA
#> PPAPDC1B 0.88090539 -0.8740292 0.068 0.056 1 PPAPDC1B NA
#> NRGN 0.88965687 0.1178269 0.182 0.167 1 NRGN NA
#> XCL2 0.89794707 0.3356016 0.091 0.083 1 XCL2 NA
#> CFD 0.90550039 -0.4594260 0.273 0.250 1 CFD NA
#> ITGA2B 0.90877741 -1.4419882 0.114 0.111 1 ITGA2B NA
#> LDHB 0.90895712 -0.1769172 0.523 0.444 1 LDHB NA
#> SDPR 0.91637557 -0.7586314 0.136 0.139 1 SDPR NA
#> EIF4A2 0.92216620 -0.1168652 0.523 0.500 1 EIF4A2 NA
#> SPARC 0.92920397 -0.6536246 0.136 0.139 1 SPARC NA
#> S100A9 0.93413505 -0.7924142 0.386 0.389 1 S100A9 NA
#> EAF2 0.93677400 -2.6687209 0.114 0.111 1 EAF2 NA
#> KHDRBS1 0.94760219 -2.8736243 0.182 0.167 1 KHDRBS1 NA
#> C5AR1 0.95034695 -0.9861914 0.159 0.139 1 C5AR1 NA
#> HLA-DPB1 0.95531585 0.2193854 0.523 0.556 1 HLA-DPB1 NA
#> TYMP 0.95715084 -0.1454613 0.432 0.417 1 TYMP NA
#> CRBN 0.95942509 -0.8320513 0.273 0.222 1 CRBN NA
#> CTSS 0.96412214 0.1540970 0.591 0.611 1 CTSS NA
#> KLRG1 0.96484898 -0.3207581 0.114 0.111 1 KLRG1 NA
#> MS4A6A 0.98895497 -0.5252983 0.205 0.194 1 MS4A6A NA
#> NGFRAP1 0.99296761 -0.6881485 0.114 0.111 1 NGFRAP1 NA
#> CA2 0.99296761 0.8072664 0.114 0.111 1 CA2 NA
#> CD3D 0.99517096 -0.5121695 0.295 0.278 1 CD3D NA
#> RARRES3 0.99556237 0.1837819 0.364 0.389 1 RARRES3 NA
#> diff_pct
#> NOSIP 0.261
#> LYAR -0.230
#> SNHG7 0.212
#> TMUB1 0.154
#> ZNF330 0.114
#> FUOM 0.114
#> CCL4 0.149
#> LINC00936 0.219
#> TSPO 0.298
#> IFI6 0.210
#> VDAC3 0.179
#> SPON2 0.162
#> LGALS2 0.174
#> RPL7L1 -0.131
#> TAF7 0.174
#> FCGR3A 0.182
#> LGALS9 0.162
#> GZMB 0.162
#> CLEC10A 0.126
#> FCER1A 0.126
#> LRRC25 0.162
#> BANK1 0.108
#> GSTP1 0.147
#> SIT1 -0.088
#> ARHGDIA 0.182
#> HLA-DMA 0.164
#> GRN 0.187
#> RUFY1 -0.131
#> MS4A7 0.144
#> IFI30 0.174
#> RGS1 0.103
#> THYN1 0.122
#> PARVB -0.099
#> PCMT1 0.128
#> FCGRT 0.159
#> BID 0.164
#> GNLY 0.128
#> FCER1G 0.164
#> TAGAP -0.108
#> BLVRA -0.106
#> COTL1 0.167
#> HLA-DQA1 0.136
#> VPS28 -0.126
#> GIMAP1 0.159
#> PRF1 0.128
#> SAFB2 0.063
#> EIF3G 0.174
#> NRBP1 -0.076
#> HLA-DQA2 0.111
#> SCO2 0.099
#> PTPN22 -0.066
#> PPP3CC 0.080
#> ZNF76 0.063
#> CD1C 0.063
#> WARS -0.091
#> EPC1 0.094
#> TCL1A -0.071
#> CCDC104 0.063
#> GZMH 0.076
#> HLA-DRA 0.088
#> RBP7 -0.071
#> RGS2 0.131
#> MPHOSPH6 0.076
#> TREML1 -0.071
#> TCF7 -0.080
#> PTCRA -0.066
#> BLOC1S4 -0.076
#> CD9 -0.076
#> TNFRSF1B 0.088
#> TPM4 0.131
#> LST1 0.139
#> FAM96A 0.094
#> SERPINA1 0.091
#> C12orf75 -0.080
#> HLA-DRB1 0.124
#> HLA-DPA1 0.045
#> CARD16 0.131
#> HLA-DRB5 0.162
#> ZFP36L1 -0.058
#> RHOC 0.159
#> CD247 0.083
#> CFP 0.114
#> GZMM 0.079
#> SAT1 0.134
#> TALDO1 0.000
#> YWHAB -0.005
#> FPR1 -0.058
#> TNFAIP8 -0.056
#> TTC38 0.053
#> HVCN1 -0.053
#> CCL5 -0.040
#> LYZ 0.099
#> VSTM1 0.058
#> CD8A 0.058
#> LAMP1 -0.073
#> CD200 -0.033
#> CD19 0.040
#> DLGAP1-AS1 0.040
#> FCER2 -0.038
#> FCRLA -0.038
#> TMEM40 -0.043
#> ASGR1 0.053
#> MMADHC -0.045
#> RP11-693J15.5 -0.038
#> IGLL5 -0.033
#> ANXA2 0.170
#> S1PR4 0.079
#> MYL9 -0.043
#> COPS6 0.079
#> FCN1 -0.031
#> CD68 0.073
#> SP100 0.101
#> CD79A -0.058
#> GPX1 0.043
#> CCR7 0.035
#> ADAR -0.040
#> ACRBP -0.043
#> FGFBP2 0.028
#> TYROBP 0.136
#> GP9 -0.048
#> ODC1 -0.040
#> MS4A1 -0.031
#> KLRD1 0.048
#> LY86 0.056
#> NFKBIA 0.119
#> NKG7 0.088
#> DNAJB1 -0.051
#> LCK 0.068
#> MPEG1 0.066
#> SMCO4 0.066
#> IL1B 0.038
#> AIF1 0.101
#> HNRNPA3 0.103
#> AKR1C3 0.031
#> CD14 -0.035
#> CD3E 0.063
#> GNG11 -0.025
#> CLIC3 0.031
#> CLU -0.025
#> CTSW 0.091
#> STX10 -0.035
#> GZMK -0.020
#> IL7R 0.008
#> PTGDR 0.031
#> S100B 0.017
#> LILRA3 -0.020
#> DNAJC2 0.043
#> GYPC -0.028
#> MYO1G 0.076
#> IL2RB 0.031
#> PPP1R18 0.040
#> NT5C 0.060
#> S100A11 0.063
#> XBP1 0.068
#> TMEM204 0.017
#> S100A8 0.103
#> NCOA4 0.056
#> PGRMC1 0.031
#> CTSB 0.068
#> IGFBP7 -0.017
#> CD79B 0.017
#> SATB1 -0.015
#> RP11-290F20.3 0.025
#> HLA-DMB 0.063
#> CD2 0.020
#> PIK3IP1 0.020
#> GZMA -0.023
#> PMPCB 0.025
#> KIAA0125 -0.011
#> CYB561A3 -0.011
#> CD180 -0.011
#> HNRNPH1 0.025
#> IL32 -0.011
#> ASNSD1 -0.015
#> MAL -0.015
#> LINC00926 0.012
#> PPBP -0.008
#> HNRNPF 0.071
#> IL17RA 0.012
#> SRSF7 0.028
#> POP7 0.020
#> PPAPDC1B 0.012
#> NRGN 0.015
#> XCL2 0.008
#> CFD 0.023
#> ITGA2B 0.003
#> LDHB 0.079
#> SDPR -0.003
#> EIF4A2 0.023
#> SPARC -0.003
#> S100A9 -0.003
#> EAF2 0.003
#> KHDRBS1 0.015
#> C5AR1 0.020
#> HLA-DPB1 -0.033
#> TYMP 0.015
#> CRBN 0.051
#> CTSS -0.020
#> KLRG1 0.003
#> MS4A6A 0.011
#> NGFRAP1 0.003
#> CA2 0.003
#> CD3D 0.017
#> RARRES3 -0.025